Für die Teilnahme an ELGA ist laut Gesetz grundsätzlich jeder in Österreich sozialversicherte Bürger vorgesehen. Will ein Bürger nicht an ELGA teilnehmen kann er dies jederzeit durch den Zugang zum Bürgerportal kundtun und sowohl eine teilweise als auch generelle Widerspruchserklärung abgeben. Dieser Generelle Widerspruch kann zurückgenommen werden, jedoch werden die im Zeitraum des Widerspruchs entstandenen Dokumente nicht mehr in ELGA nachreferenziert.

Der Widerspruch kann sich im Portal auf medizinische Dokumente wie Arztbrief, Pflegebrief, Laborbefund oder Befund Bildgebende Diagnostik beziehen oder auf die so genannte eMedikation.